代建制是一种由出资人委托有相应资质的项目代建人对项目的可行性研究、勘察、设计、监理、施工等全过程进行管理，并按照建设项目工期和设计要求完成建设任务，直至项目竣工验收后交付使用人的项目建设管理模式。这种新的管理模式与传统建设模式相比，具有明显的优势，但通过近年来的审计发现，基层建设项目代建制在制度和管理层面上还存在一些问题：一是建设方没有与代建单位签订规范化的委托代建合同，没有明确双方的权利责任。二是代建方没有对建设项目实行招投标，自己指定施工单位进行建设项目建设，并且自己采购工程用材料。三是代建方违规对建设项目进行肢解分包，并且没有签订施工合同。四是有的建设项目直接由建设方肢解分包给施工方，没有签订配合费给付合同，也没有明确配合费给付比例。五是工程用材料由甲方直接采购没有实行政府采购或进行招投标，有的是先采购，事后再补签合同。六是重大建设项目变更如采暖由地暖改为明装暖气片取暖，没有经设计部门变更设计、监理部门签证、施工方签证的变更。而由建设方技术人员简单画个草图就进行了施工，严重违反了建筑法有关规定。七是相关部门没有制定政府投资项目代建管理办法，代建费没有统一核算标准，任由代建方随意确定。
针对上述问题，审计建议：一、建设主管部门要加强对建设项目建设程序履行情况的监督管理，严惩违规行为。二、相关部门尽快制定出台有关政府投资建设项目代建管理办法，明确建设项目参与各方的职责，统一代建费取费标准，进一步规范代建行为。